Początki osadnictwa w tej okolicy datowane są na X–XI wiek. Pierwsza wzmianka pisana pochodzi z 1418. Od XV–XVI wieku osadnictwo mennonickie nad Wisłą. W XVIII wieku istniała tu prochownia założona przez generała Alojzego Fryderyka von Brühla.

Przed II wojną światową wieś wielonarodowościowa – Polacy, Niemcy, Żydzi. W 1924 przeniesiono tu kościół i parafię z Kiełpina, w 1929 otwarto kolej Warszawa – Młociny – Palmiry[6]. W czasie II wojny światowej miejsce walk w 1939 i w 1944. W latach 50. XX wieku po włączeniu Młocin do Warszawy powstała Gmina Łomianki.

1 stycznia 1989 miejscowość otrzymała prawa miejskie.